Johannes Strobl stammt aus Kärnten/Österreich und absolvierte sein Musikstudium an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst "Mozarteum" in Salzburg, wo er in der Klasse von Heribert Metzger Lehr- und Konzertdiplom im Fach Orgel sowie das A-Diplom in Katholischer Kirchenmusik mit Auszeichnung ablegte. Parallel dazu inskribierte er an der Paris-Lodron-Universität Salzburg die Fächer Musikwissenschaft und Romanistik. Es folgte ein umfassendes Studium der Alten Musik an der Schola Cantorum Basiliensis bei Jean-Claude Zehnder (Orgel), Jörg-Andreas Bötticher (Cembalo), Jesper Christensen (Generalbass) und Rudolf Lutz (Improvisation). Kurse bei Michael Radulescu, Luigi Ferdinando Tagliavini, Harald Vogel, Almut Rössler und James David Christie ergänzten seine Ausbildung.